ASSIGNMENT 6: LETTERATURA SCIENTIFICA 4

Continuando nella trattazione riguardo alla letteratura scientifica, sempre sulle tracce degli assignment del proff. Formiconi, mi premeva approfondire ancora qualche punto di discreta importanza.
Innanzitutto la visualizzazione degli articoli di Pubmed in PDF: si nota subito che il file differisce in forma grafica, infatti in PDF abbiamo l’articolo esattamente come comparirebbe sulla rivista scientifica in versione cartacea, in questo tipo di documenti non è mai possibile modificare il file.
Inoltre un altro argomento importantissimo: come avevo detto nel post precedente, la maggior parte degli articoli scientifici che troviamo su pubmed sono a pagamento, fatto che rappresenta spesso una notevole limitazione, tuttavia avevo parlato anche di metodi per “aggirare” quest’ostacolo; per arrivare a parlare di questi metodi dobbiamo prima iniziare col dire che l’università è abbonata a diverse riviste scientifiche, dalle quali sono tratti molti degli articoli presenti su Pubmed, dunque dai PC dell’università, una volta inseriti matricola e password, è possibile accedere gratuitamente a questi articoli normalmente a pagamento, ma non è finita qui: è possibile infatti fare tutto ciò anche dal PC di casa. Per spiegare meglio questo fatto è necessario introdurre il concetto di “proxy”, ovvero un computer che riceve tutte le richieste che partono da dei PC (ad esempio quelli dell’università di Firenze) e successivamente le smista all’esterno e viceversa tutto ciò che entra dall’esterno passa dal proxy, insomma un meccanismo che filtra il traffico delle informazioni; ad esempio è proprio a causa del proxy che alcuni siti non sono accessibili dai PC dell’ateneo, perché il traffico verso quei siti viene bloccato dal proxy stesso.
Dunque la chiave sta in questo: configurare il browser del PC di casa in modo che ogni cosa che chiediamo di raggiungere in internet passi dal proxy, che a sua volta provvede ad accedere all’esterno, quindi in sostanza è come se ci trovassimo su un PC dell’ateneo e possiamo dunque usufruire delle riviste a cui l’università è abbonata.
Il proxy si configura manualmente, inserendo una determinata proxy http, una determinata porta etc.. chiaramente il proxy ti consente l’accesso solo se gli dimostri di averne diritto, ovvero gli dimostri di essere un dipendente dell’università o uno studente, saranno dunque necessari matricola e password, ma questi li abbiamo e il problema è presto risolto.
Devo dire che imparare queste cose mi ha fatto molto riflettere sul fatto che molto spesso abbiamo a disposizione importanti risorse come questa senza però rendercene conto, è dunque di fondamentale importanza guardarsi attorno per indagare e scoprire queste possibilità, per essere nelle condizioni di poter sfruttare al massimo e mettere a frutto le nostre capacità.

ASSIGNMENT 6: LETTERATURA SCIENTIFICA 3

Tornando a parlare riguardo all’argomento della letteratura scientifica, è stato molto stimolante anche questo assignment (http://iamarf.org/2011/04/15/assignment-6-letteratura-scientifica-3/), in cui il proff. Formiconi, tramite un video esplicativo, approfondisce le metodiche di utilizzo di Pubmed,introducendo innanzitutto due nuovi concetti: la visualizzazione per autore e il numero di elementi necessari per riportare correttamente le referenze bibliografiche in un lavoro (ad esempio una tesi).
Altro argomento molto interessante trattato è quello dell’abstract, un elemento sempre presente nei lavori della letteratura scientifica, consiste in una specie di riassunto dell’articolo in esame, in cui si dice cosa si voleva fare, come si è proceduto e quali sono stati i risultati, il tutto in poche e semplici parole. In questo modo chi sta cercando un determinato articolo ha una traccia per poter decidere se quel lavoro fa al caso suo o meno.
Nel post del professore viene affrontata inoltre la questione del “full text”, infatti, molto spesso, il testo completo è disponbile, ma solo a condizione di essere abbonati alla rivista a cui appartiene, insomma a pagamento…cosa che spesso potrebbe risultare una notevole limitazione, tuttavia, come parlerò nel prossimo post, esistono dei metodi per “aggirare” questo ostacolo, oltre naturalmente a quello di selezionare solamente gli articoli “open access”, che purtroppo però rappresentano solo una piccola percentuale di tutti gli articoli disponibili.
Per concludere un accenno alla bibliografia, ovvero l’elenco di pubblicazioni usate e citate nella stesura di un saggio, di un articolo o di un libro, fondamentale per far sì che chiunque legga un determinato articolo possa ripetere passo passo i vari passaggi della ricerca da esso descritta.

ASSIGNMENT 5: OPEN EDUCATIONAL RESOURCES

Lo devo ammettere, questo post http://iamarf.org/2009/12/28/assignment-5-open-educational-resources-iniziamo-con-una-storia/ che ho trovato su http://iamarf.org/ mi ha attirato sin da subito: infatti, passando attraverso le quattro storie proposte, mi è tornata in mente sin da subito la mia esperienza di studente relativamente a quest’argomento: le open educational resources. Infatti, durante i vari esami che in questi primi tre anni di Medicina mi sono trovato a preparare, credo che siano stati veramente pochi quelli in cui non abbia fatto ricorso alla rete per qualche aiuto: significati di parole mai sentite prima, video esplicativi su youtube, un atlante di anatomia in 3D, slide su alcuni argomenti trovate “a giro” in vari siti… Insomma un sacco di materiale che alla resa dei conti mi è risultato molto utile perché mi ha permesso di integrare e di capire meglio quello che il professore mi aveva spiegato o che trovavo sul libro di testo o sulle slide o su sbobinature varie… Devo ammettere che è stato molto gratificante poter approfondire determinati argomenti sfruttando le potenzialità del web e mi sono sentito molto avvantaggiato rispetto a coloro che sino a non molti anni fa non avevano a disposizione quest’opportunità. In particolare, per uno degli ultimi esami che ho preparato, patologia generale, ho trovato molto utili e interessanti alcuni video che mi hanno mostrato in pochi minuti, in maniera chiara e semplice, quello che magari sul libro è spiegato in una decina di pagine. Certo, sul libro ci saranno un sacco di nomi e particolari in più, ma osservare quello che succede ad esempio durante una rottura di una placca aterosclerotica in un’arteria coronaria http://www.youtube.com/watch?v=w8wXdtoW-HQ&feature=related o ad esempio in cosa consista l’angioplastica http://www.youtube.com/watch?v=S9AqBd4RExk mi ha reso il tutto più intuitivo e semplice, portandomi a studiare con rinnovato entusiasmo, soddisfatto di poter visualizzare ciò che realmente succede e che può essere solo intuito vagamente studiando il testo e basta.

ASSIGNMENT 6: LETTERATURA SCIENTIFICA 2

Dopo aver visto il video esplicativo sull’uso di Pubmed del proff. Formiconi, ho capito subito di avere a disposizione uno strumento molto potente e ho deciso immediatamente di testarlo. Avendo dato un paio di mesi fa patologia generale, ho deciso di prendere spunto da qualche patologia studiata per iniziare la ricerca e provare questo importante mezzo. La prima cosa che mi è venuta in mente è stata l’embolia, ho digitato dunque “embolism” nella casella di ricerca e ho ottenuto 68802 risultati, decisamente troppi, ma del resto me lo aspettavo, serviva restringere la ricerca a qualcosa di più specifico, ho pensato allora ad un particolare tipo di embolia, quella da liquido amniotico, ho aggiunto dunque le parole chiave “amniotic” e “fluid” alla casella di ricerca e stavolta i risultati erano decisamente diminuiti: 1107, bene, ma non benissimo: ancora troppi, impensabile analizzarli uno ad uno, diveniva dunque necessario porre dei limiti a questa ricerca: detto fatto, ho imposto “inglese” come linguaggio e “umana” alla specie, i risultati erano circa dimezzati: 571, purtroppo ancora eccessivi. Ho notato allora che i testi completi disponibili gratuitamente, relativi alla ricerca con le restrizioni che avevo imposto, erano solo 56, un numero ragionevole per poter essere analizzato “manualmente”, è così che dopo un po’ di ricerca ho trovato un articolo che ha catturato la mia attenzione in cui veniva descritta l’embolia da liquido amniotico, una complicanza rara e catastrofica della gravidanza associata frequentemente con la morte della madre di cui le cause e i meccanismi rimangono pressoché sconosciuti. Venivano poi riportati i casi di due madri colpite da questa patologia. Infine l’articolo si concludeva con l’elenco di alcune possibili cause di questa patologia tra cui un’infezione sistemica dell’organismo.
Per placare la mia curiosità ho deciso infine di effettuare una nuova ricerca su di un’altra patologia: stavolta sono partito dall’argomento molto generale dell’edema, che difatti mi ha dato, come avevo pronosticato, una moltitudine di risultati: 114932…un’infinità, ho ristretto dunque il campo di ricerca ad un particolare tipo di edema localizzato dovuto a vermi che fanno dell’interno dei vasi linfatici il loro personale domicilio ostruendoli ed impedendo il drenaggio e provocando quindi edema: la filariasi; aggiungo “filariasi” alla casella di ricerca, i risultati si riducono drasticamente a 178, pongo allora i limiti: “inglese” alla lingua, “umana” alla specie e decido di selezionare solamente gli articoli relativi all’anno appena passato, i risultati si riducono a 108, di cui appena 12 con il testo gratis e completo: dò un’occhiata sommaria a buona parte di essi, uno mi colpisce subito, è il caso di una giovane donna iraniana, di 27 anni, dove l’edema si presenta in sede perioculare.
Al termine di queste due brevi ricerche ero decisamente soddisfatto, le impressioni iniziali datemi dal video esplicativo del professore di avere in mano una risorsa importantissima, si sono pienamente confermate, con pubmed ognuno può avere a disposizione un’immensa quantità di informazioni e di articoli in continuo aggiornamento sui più disparati argomenti inerenti al campo della medicina, le sue potenzialità sono pressoché illimitate, a questo punto sta ad ognuno di noi saper districarsi con stratagemmi come quelli sopra descritti in quest’immensità di informazioni per trovare ciò che fa al caso nostro e metterlo a frutto.

ASSIGNMENT 6: LETTERATURA SCIENTIFICA 1

Il primo articolo dell’Economist che il proff. Formiconi consigliava di leggere, “Signs of the times”, mi ha fatto sorridere e al contempo riflettere. Sorridere perché è stato veramente buffo il modo in cui Peter Austin, dell’Institute for Evalutative Sciences, ha messo in ridicolo numerose ricerche scientifiche tanto pretenziose e ambiziose quanto basate sul nulla, come immagino possano essere alcune di quelle che troviamo sui giornali tutti i giorni. Austin infatti mostra come, basandoci semplicemente su dei dati statistici, le persone vive sotto il segno del leone abbiano il 15% di probabilità in più di essere ricoverate in ospedale per emorragia gastrica di quelle del segno del Sagittario e addirittura il 38% in più di essere ricoverate per un braccio rotto.
A questo punto è scattata la mia riflessione riguardo l’importanza dell’utilizzo di un metodo scientifico rigoroso, che riesca a dimostrare con certezza delle associazioni senza correre il rischio di prendere fischi per fiaschi e di quanto d’altra parte sia facile incappare in certi errori. Questo pone allo scienziato la necessità di attuare una verifica importante dei propri risultati, proprio come fanno i revisori dei giornali scientifici (e non) riguardo a degli articoli che per essere completamente revisionati e accettati possono veder trascorrere anche un anno per la loro pubblicazione, come si legge in uno dei post del proff Formiconi. Insomma ci vuole cognizione di causa nell’affrontare una ricerca scientifica, bisogna procedere con cautela e verificare ogni risultato che otteniamo, perché spesso rischiamo di andare incontro a errori grossolani dettati dalla casualità dei dati che abbiamo ottenuto, una verifica costante e continua è dunque a mio parere alla base di tutta la ricerca scientifica.
PUBLISH AND BE WRONG
Quest’altro articolo solleva invece il problema che gli articoli pubblicati sulle riviste scientifiche spesso non corrispondono ai più corretti e validi tra quelli che le case redattrici avrebbero a disposizione, poiché i criteri con cui vengono scelti non sono dei più obiettivi: infatti, tra gli articoli che vengono proposti, non vengono scelti quelli più validi scientificamente, ma spesso i metodi di scelta sono altri: ad esempio svolgono un ruolo molto importante le precedenti pubblicazioni su giornali importanti che gli autori dei suddetti articoli hanno alle spalle o addirittura il tipo di risultato dato dalla ricerca oggetto dell’articolo, come accade ad esempio in uno studio inviato alla America’s food and drug Administration circa gli effetti degli antidepressivi (quelli con risultati positivi sono stati pubblicati, quelli con risultati negativi no) ma i risultati negativi sono spesso almeno parzialmente più informativi di quelli positivi.
Per commentare questi articoli mi sono servito di Google traduttore e di Lingro, entrambi molto utili, spero quindi di aver compreso abbastanza bene il significato di questi articoli che mi hanno offerto interessanti spunti di riflessione.

Caro vecchio blog, non mi sono scordato di te!!

Riprendendo questo blog, un po’ abbandonato a se stesso per tanto, troppo tempo e dopo aver ripreso confidenza con il concetto di feed rss, mi è balzata alla mente subito una cosa: l’incredibile vastità della rete. Devo essere sincero, inizialmente mi sono sentito decisamente disorientato di fronte a tale immensità e sono stato pervaso da un certo senso di sconforto. Piano piano, però, ho iniziato ad acquisire maggior dimestichezza e sono riuscito a districarmi un po’ meglio nella giungla di siti e informazioni di ogni genere e tipo che è la rete; a quel punto ho iniziato a capire che se è pur vero che una tale mole di informazioni, apparentemente accatastate senza troppo criterio, possono disorientare, è altrettanto vero che nascondono un’enorme potenzialità, la chiave sta nel saper cercare quello che ci interessa, essendo scaltri nello scartare ciò che non ci serve e nell’individuare quello che invece fa al caso nostro.
In tutto questo mi sono stati molto utili gli assignment sui feed RSS, sui bookmarks e le tags di delicious, che mi hanno consentito in qualche modo di tracciare la strada che volevo percorrere, facendomi orientare in un tale intrico di dati. A quel punto l’iniziale disorientamento ha lasciato spazio ad un grande entusiasmo relativo alle enormi possibilità ed opportunità che il web, se debitamente ammaestrato, può offrire.